前往六之岛的核心条件是获得彩虹票证并完成主线剧情。玩家需先击败关都地区的四天王并成为冠军，随后在一之岛的任务线中协助NPC解决事件，最终获得通往1至7号岛屿的彩虹票证。持有该票证后，返回枯叶市或姜南市的渡轮码头，与渡船服务员对话选择前往六之岛即可启程。航行过程中无需额外操作，但建议提前准备冲浪技能和恢复道具以应对后续探索。
六之岛的地形由水道迷宫、火焰之路和古代遗迹三部分构成。初次登岛时会进入水道迷宫区域，需利用冲浪技能在错综复杂的水道中寻找正确路径，途中可能遭遇高等级水系野生宝可梦。穿过迷宫后进入火焰之路，该区域布满岩浆障碍和火系宝可梦，需谨慎规划移动路线以避免反复受伤。古代遗迹位于岛屿深处，其内部设有石块解谜机制，需推动特定位置的岩石激活机关才能进入隐藏区域。
岛上的关键剧情任务围绕蓝宝石展开。玩家需在遗迹山谷洞穴中取得蓝宝石，但会被火箭队成员拦截并触发战斗，胜利后获得新的密码线索。随后需返回五之岛输入密码解锁石门，击败内部的火箭队成员夺回蓝宝石。此任务链直接影响两个地区的通讯功能开启，建议队伍等级达到50级以上再挑战。完成任务后，六之岛的野生宝可梦分布会发生变化，部分稀有宝可梦如未知图腾将出现在特定区域。
探索过程中需注意技能配置与环境互动。除必备的冲浪和怪力技能外，一字斩用于清除挡路树木，闪光术可照亮黑暗洞穴。火焰之路的岩浆区域需穿戴防火装备，而水道迷宫的急流地带可能随机触发野生宝可梦遭遇。古代遗迹内的符号解读需要记录石板文字顺序，错误操作会导致机关重置。建议携带足够的高级球和状态恢复药剂，部分区域如无人发电厂会出现高密度电系宝可梦群。
最终阶段可捕捉特殊宝可梦并完成岛屿图鉴。在完成蓝宝石任务后，七之岛的试炼之塔会解锁高级训练家挑战，通过后可获得提升捕捉率的道具。六之岛西南角的图案石室需按特定顺序摆放石块，解开后会出现隐藏的传说宝可梦。所有探索内容完成后，返回水蓝市的研究所可激活全图鉴追踪功能，六之岛的全部价值才算完全释放。整个流程约需6-8小时游戏时长，具体进度取决于战斗效率和谜题解决速度。
