捕获神奇动物是提升动物园吸引力的核心玩法。这些稀有动物通常具备特殊外观或能力，但需要满足特定条件才会出现。
神奇动物的出现往往与地图类型和行进距离密切相关。例如在草原地图中，暗黑野牛需要骑乘同一只野牛行进800米才会现身，而特洛伊斑马则要求玩家连续换乘7种不同动物。不同栖息地的神奇动物触发机制各异，山脉区域的纯黑鹿需换乘8种动物（包含7种山脉动物和1种外来动物），极地地图的机械狐狸则需骑乘单只狐狸跑完1500米。提前研究目标动物的栖息地特性是必要准备。
部分神奇动物如蒸汽朋克牦牛需要通过撞击其他动物触发，使用牦牛连续撞击10个目标即可召唤；三嘴鸟则依赖巨嘴鸟的暴走状态，在最高点起跳达到100米并安全换乘后出现。特定道具如狂暴状态可帮助玩家抵达高难度区域，例如机械秃鹰需在1400米后的大石头上用长颈鹿或大象的狂暴技能才能捕获。
时间管理与任务系统是解锁高端神奇动物的关键。BOSS级动物如宙斯天马、火山猩猩等需完成35个普通任务后才会开放挑战。每日任务刷新机制允许玩家通过观看广告或购买开门大吉礼包加速任务进度。部分隐藏动物如骷髅象、鸵鸟老板仅能通过随机BOSS任务获取，因此保持任务完成频率至关重要。
动物园的设施升级直接影响神奇动物的捕获概率。将栖息地提升至9级会解锁专属稀有动物，同时增加其他稀有动物的出现几率。资金管理方面，优先升级目标动物对应的栖息地等级，并确保有足够金币支付员工工资和维护费用。社交功能中访问好友动物园可能触发特殊事件，为获取跨栖息地神奇动物提供额外机会。
神奇动物的出现具有概率性，如健身霸王龙需收集五个恐龙蛋后随机出现，而迷宫牛头人要求用凤凰撞击两只牛头人。建议玩家记录每次失败的操作参数，逐步优化骑乘路线、起跳时机和换乘节奏。游戏内的动物图鉴会实时更新已发现条件，善用该功能可避免重复试错。
