要抵达六之岛，玩家需先完成主线剧情并集齐七枚徽章，这是解锁群岛任务线的必要条件。同时需确保队伍中有掌握冲浪和飞翔技能的口袋妖怪，以便后续探索。准备工作完成后，前往城市中央的口袋妖怪中心后方与水手对话，选择乘船前往一之岛。在一之岛北部穿过宝贝岛到达巨石谷洞穴，完成洞内解谜并修复机器以激活跨岛功能，随后返回港口即可选择六之岛作为目的地。
六之岛的地形复杂且充满挑战，主要区域包括水道迷宫和火焰之路。水道迷宫需利用冲浪技能在交错的水道中穿行，可能遭遇高等级水系野生口袋妖怪；火焰之路则布满岩浆地形，需谨慎移动以避免伤害。古代遗迹是另一处关键地点，内含古文符号和解谜要素，解开后可获得隐藏道具或触发剧情。探索时建议携带充足恢复类道具，并提前调整队伍技能配置以应对不同环境。
部分区域如无底洞穴需用居合斩清除障碍，而图案花园则需完成特定任务才能进入。岛上的训练家战斗难度较高，战胜后可能获得稀有道具。若遇到NPC阻拦，通常需推进主线或完成前置任务，例如在四之岛击败火箭队残党后，才能继续前往六之岛仓库区域。
稀有口袋妖怪如赫拉克罗斯可在记号森林捕捉，而古代遗迹底部的神秘道具能调整进化形态。建议多次往返岛屿与其他区域，利用港口船只的灵活性补充物资或调整队伍。最终目标通常是收集蓝宝石或完成岛屿任务链，这些内容对游戏后期进展至关重要。
